Após o advento do Seminário Legislativo “Águas de Minas”, que levou à criação da Lei Estadual Nº 11.504, em 1994, e a criação do Conselho Estadual de Recursos Hídricos (CERH), em 1995, iniciaram-se, espontaneamente, diversos movimentos para a criação de Comitês de Bacia em rios de domínios do Estado de Minas Gerais. Até aquele momento, havia somente o Comitê Especial de Estudos Integrados de Bacias Hidrográficas – CEEIBH, que dispunha apenas de poder consultivo.

Em 1996, na cidade de Araguari, a Associação dos Cafeicultores (ACA) já se mobilizava com o objetivo de criar o Comitê da Bacia Hidrográfica do Rio Araguari. A primeira reunião nesse sentido foi realizada no município de Sacramento, em 1997, dias antes da promulgação da Lei Federal nº 9.433, em 8 de janeiro de 1997 – a Lei das Águas, que instituiu a Política Nacional de Recursos Hídricos e criou o Sistema Nacional de Gerenciamento de Recursos Hídricos.À época, o objetivo do encontro foi organizar a sociedade para debater a questão do conflito pelo uso de água, evitando a escassez que já começava a dar sinais incômodos aos agricultores e à população.

Após a primeira reunião e um longo período de mobilização, maturação e amplas discussões, o CBH Araguari foi finalmente instituído pelo Decreto 39.912, de 22 de setembro de 1998. Sua finalidade é promover, por meio da gestão de recursos hídricos, o desenvolvimento sustentável da Bacia Hidrográfica do Rio Araguari. 

O Comitê foi criado com o propósito de garantir a qualidade e a quantidade de água para a geração atual, sem comprometer a capacidade de atender às necessidades das próximas gerações, conciliando o crescimento econômico da região com a preservação dos recursos hídricos.